Méthylation par Séquençage
Parmi les différentes méthodes existantes pour étudier les profils de méthylation, le séquençage de l’ADN est probablement la plus efficace à ce jour. IntegraGen présente un aperçu des techniques de séquençage les plus innovantes et rentables pour vous guider dans le choix de la meilleure méthode en tenant compte du type de projet, de la région de l’ADN à explorer, du type d’échantillons (tissu ou biopsie liquide), de la quantité et de la qualité de l’ADN, ainsi que de vos contraintes budgétaires.
COMMENT CHOISIR LA BONNE TECHNIQUE DE MÉTHYLATION ?
Alors que le séquençage du génome entier se heurte encore à des contraintes de coût, les méthodes de séquençage à représentation réduite couvrent principalement les îlots CpG. En proposant la méthode de capture de l’ADN, IntegraGen offre la technique de séquençage la plus récente et la mieux adaptée à l’étude des profils de méthylation dans toutes les régions méthylées de l’ADN qui comptent (CpG islands, shelves, shores, and open sea).
NOTRE EXPERIENCE
- Développer l’analyse de méthylation à grande échelle en utilisant le séquençage à haut débit depuis 2011, et les puces méthylation depuis 2006.
CE QUI FAIT D’INTEGRAGEN VOTRE MEILLEUR PARTENAIRE
- Expertise dans la conception de projets et la mise en œuvre de plans d’analyse
- Utilisation de la conversion enzymatique pour réduire la quantité d’ADN et les dommages à l’ADN
- Protocole disponible pour l’ADN libre circulant
- Extraction possible à partir de tissus ou de biopsies liquides
- Analyse bioinformatique disponible
NOS GARANTIES
- Données de haute qualité, nombre de reads garanti
- Efficacité de conversion > 99,5
POURQUOI LA CONVERSION ENZYMATIQUE EST-ELLE PRÉFÉRABLE À LA CONVERSION AU BISULFITE ?
Bien que la conversion de l’ADN au bisulfite de sodium soit considérée comme la référence pour l’analyse de la méthylation de l’ADN, cette méthode présente certains inconvénients par rapport à la conversion enzymatique. En effet, la réaction chimique avec le bisulfite de sodium endommage et dégrade l’ADN, entraînant sa fragmentation et sa perte. La quantité réduite d’ADN qui en résulte fausse encore davantage les données de séquençage en affectant la qualité de l’ADN et la couverture des CpG. La méthode de conversion enzymatique choisie par IntegraGen minimise la dégradation de l’ADN, ce qui garantit une meilleure qualité et un meilleur rendement, ainsi qu’une plus grande efficacité de conversion (meilleure couverture des CpG et qualité de l’alignement). Cette technique est tout à fait appropriée pour l’analyse du méthylome d’échantillons contenant une faible quantité d’ADN de départ (par exemple cfDNA), l’amplification de longs fragments d’ADN, et est applicable à la méthode de capture de l’ADN.
