Développeur Bio IT

Temps plein

Évry, Île-de-France, France

DESCRIPTION DU POSTE

L’équipe Bio-informatique a implémenté en routine un grand nombre de workflows pour permettre l’analyse des applications les plus communes en génétiques et épigénétiques (séquençage de génomes entiers, d’exomes ou de panels de gènes, séquençage d’ARN (miRNAs, 3’RNAs, …), étude de la méthylation de l’ADN, etc.. De nombreuses espèces sont prises en charge : humain, souris, rat, chien, cheval, …. et de l’ordre de 4 To de données génomiques sont générées chaque semaine.

La plate-forme gère l’ensemble du processus de l’analyse primaire (démultiplexage des données brutes, séquenceurs Illumina et ThermoFisher) jusqu’à l’analyse tertiaire (annotation des fichiers vcf, classification par Tiers, impacts biologiques et thérapeutiques, …).

En rejoignant cette équipe vous prendrez en charge la maintenance et le développement de nouveaux algorithmes destinés aux différentes analyses. Vous agirez par ailleurs comme un interlocuteur privilégié à la croisée de trois chemins :

  • Vous communiquerez avec les équipes scientifiques pour comprendre les directions à prendre dans les nouvelles analyses
  • Vous collaborerez étroitement avec les équipes d’infrastructure IT afin d’optimiser les code et l’infrastructure destinée à exécuter les différents algorithmes
  • Vous collaborerez également avec les développeurs d’application en charge de présenter les résultats exploitables par les clients finaux

Les défis majeurs que vous prendrez en charge :

  • Concevoir et implémenter des nouvelles briques logicielles sur une architecture déjà en place (python, bash, docker, …)
  • Assurer la maintenance et l’évolution des briques logicielles existantes
  • Tests et validation de l’évolution logicielle avant mise en production
  • Traduire les demandes spécifiques de clients en solutions informatiques
  • Améliorer sans cesse les outils internes et les pipes d’analyses en suivant l’évolution rapide des technologies de séquençage ainsi que les mises à jour d’outils standards par la communauté scientifique ;
  • Identifier et exploiter les possibles automatisations et optimisations afin de permettre une industrialisation: orchestration des pipelines d’analyses

Dans un environnement de santé, vous apprendrez à respecter des normes strictes de qualité, de fiabilité des résultats, de sécurité des informations.

Enfin, au-delà des applications dont vous vous occuperez, vous participerez à construire et échanger les bonnes pratiques d’IntegraGen : vous saisirez les opportunités de formations continue tant externes qu’internes, et vous partagerez vos connaissances et expériences avec vos pairs.

PROFIL RECHERCHÉ

Vous êtes titulaire d’un mastère spécialisé en informatique (Ou bioinformatique avec une forte expérience en informatique), avec un minimum 3 ans de pratique en entreprise.

Compétences techniques :

  • Maîtrise de la programmation scriptée : Python, bash (environnement Unix), R
  • Adepte de gestionnaire de versionning: git, github
  • Maîtrise des environnements conteneurisés (Docker, Kubernetes)
  • Appréhension des mécanismes liés à la performance, la disponibilité et la montée en échelle des systèmes informatiques
  • Bonne connaissance des bases de données (relationnelles et non-relationnelles)
  • Adepte des technologies des langages Web : html/php/javascript
  • Agilité, force de proposition, autonomie ; une expérience de terrain avec les méthodes Scrum est un plus

 

Compétence non-techniques :

  • Communication structurée (orale et écrite) en Anglais et Français
  • Capable de produire un code de qualité, commenté et accompagné de ses tests
  • Passionné par la science et la technique, idéalement aussi dans les biotechnologies
  • La connaissance en biologie moléculaire est un vrai plus
  • Autonomies
  • Respect des délais convenus
  • Esprit d’équipe
  • Connaissance de la GCP est un atout
  • Expérience dans les pipes bioIT ou dans les Systèmes d’Information de Laboratoire (SIL / LIMS) est un plus.
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